Институт теологии ведёт научную работу в следующих направлениях:
- Библия в белорусской истории и литургической жизни Церкви.
- Место и роль Православной Церкви в современном мире и ее влияние на религиозные, социальные и политические процессы в обществе.
- Роль Белорусской Православной Церкви в формировании государственности и духовной культуры белорусского народа.
- История Православной Церкви в Беларуси и в мире.
- Христианские духовно-нравственные ценности в современном мире и их значение для современного образования.
- Традиции христианского воспитания и современные тенденции в области образования.
- Православное богословие в современном мире и история Церкви на восточнославянских землях.
- Нетрадиционная и традиционная религиозность в Беларуси и России: история и современность.
- Межконфессиональный и межрелигиозный диалог.
- Развитие теолого-религиоведческого образования в Республике Беларусь.
- Укрепление и развитие связей между христианской традицией и современной наукой.